L'ectoderma ha origine nell'epiblasto e si forma durante la gastrulazione . Una volta che il mesoderma si è formato, le cellule cessano di entrare nella linea primitiva ; le restanti cellule epiblastiche sono in seguito chiamate ectoderma. L'ectoderma dà origine a due lignaggi distinti, vale a dire l'ectoderma superficiale e l' ectoderma neurale .
L'ectoderma forma il sistema nervoso centrale e periferico e l' epidermide , e contribuisce all'adiposo e al cuore oltre che a numerosi altri organi. L'ectoderma forma molti degli organi sensoriali (occhio, orecchio, naso) ed è anche la fonte della sacca di Rathke , un diverticolo invaginante del tetto stomodeo che alla fine si stacca dallo stomodeo e diventa l'adenoipofisi della ghiandola pituitaria.
