I farmaci antidepressivi sono sistemici, il che significa che il farmaco viene assorbito nel flusso sanguigno e può causare numerosi effetti collaterali. La rTMS viene in genere prescritta quando gli antidepressivi hanno fallito o gli effetti collaterali sono intollerabili; questo può essere chiamato depressione resistente al trattamento o TRD. Altri trattamenti per TRD sono: terapia elettro-convulsiva (ECT), che funziona applicando un breve impulso elettrico al cervello che induce una convulsione dal punto di vista medico. L'ECT viene eseguito in un ospedale con anestesia. L'ECT può essere associato a numerosi effetti collaterali.
Il trattamento rTMS è una procedura ambulatoriale, non sistemica con pochi effetti collaterali noti associati. I pazienti possono tornare alle loro attività quotidiane dopo il trattamento.