Il
GNM si
basa sulla teoria meccanica statistica sviluppata da Flory e collaboratori per i gel polimerici ( 1 ) , dove le giunzioni di rete subiscono fluttuazioni gaussiane. Nel GNM le posizioni delle giunzioni/nodi di rete sono identificate con gli atomi di C
a , e le molle elastiche rappresentano le interazioni che stabilizzano i contatti nativi. Si presume che due residui siano in contatto quando i loro atomi di carbonio a sono separati da una distanza di
cutoff Rc inferiore a quella che di solito viene presa intorno a 7
Å .
